病原体指可造成人或动物感染疾病的微生物（包括细菌、病毒、立克次氏体、寄生虫、真菌）或其他媒介（微生物重组体包括杂交体或突变体）。
 |
| 病原体 |
病原体能引起疾病的微生物和寄生虫的统称。微生物占绝大多数，包括病毒、衣原体、立克次体、支原体、细菌、螺旋体和真菌；寄生虫主要有原虫和嚅虫。病原体属于寄生性生物，所寄生的自然宿主为动植物和人。能感染人的微生物超过400种，它们广泛存在于人的口、鼻、咽、消化道、泌尿生殖道以及皮肤中。每个人一生中可能受到期150种以上的病原体感染，在人体免疫功能正常的条件下并不引起疾病，有些甚至对人体有益，如肠道菌群（大肠杆菌等）可以合成多种维生素。这些菌群的存在还可抑制某些致病性较强的细菌的繁殖，因而这些微生物被称为正常微生物群（正常菌群）但当机体免疫力降低，人与微生物之间的平衡关系被破坏时，正常菌群也可引起疾病，故又称它们为条件致病微生物（条件致病病原体）。机体遭病原体侵袭后是否发病，一方面固然与其自身免疫力有关，另一方面也取决于病原体致病性的强弱和侵入数量的多寡。一般地，数量愈大，发病的可能性愈大。尤其是致病性较弱的病原体，需较大的数量才有可能致病。少数微生物致病性相当强，轻量感染即可致病，如鼠疫、天花、狂犬病等。
对于要确定一种病原体属于哪一级生物安全水平以实验操作为基础，对病原体的操作通常与进行鉴定或分型所需的病原体的生长状况，以及病原体的数量和浓度有关。如果操作临床样本比操作培养样本对工作人员造成的危险性小，就建议确定较低的生物安全水平级别。
 |
| 病原体 |
另一方面，如果实验操作涉及体积较大的样本和浓度较高的病原体制备品，或可能产生气溶胶，或操作本身就有危险，则需要额外的预防措施，并提高初级和二级防扩散装置的水平。“生产数量”是指感染性病原体的体积或浓度，大大超过了通常进行鉴定和分型所需要的量。正如在大规模发酵、抗原和疫苗的生产以及各种商业和研究活动中，感染性病原体的增殖和浓缩需要处理大量“生产数量”级的感染性病原体。大量的感染性病原体可能造成危险性增加，所以对于任何指定的病原体，不可能将“生产数量”限定为有限的体积或浓度。因此，实验室主管必须对要进行的实验操作进行评估，选择与危险性适合的操作技术、防扩散仪器和设施，而不需考虑涉及的病原体的体积和浓度。
有时实验室主管选择的生物安全水平应该比建议的级别要高。例如，计划实验的独特性质可能需要较高的生物安全水平；或者实验室接近需要特殊考虑的区域，也要求较高的生物安全水平。同样，可以采用推荐的生物安全水平来补偿由于缺乏某些推荐的保护措施而引起的不足。例如，对于建议采取*级水平的微生物，在设施特征满足"级水平的实验室中进行常规或重复性操作时，只要严格按照建议的标准微生物学操作规程，适合"级水平的特殊操作规程和安全设备进行，也可达到可以接受的安全水平。
在"级水平下，使用"级水平操作技术和规程就能够安全地对临床样本进行常规的诊断工作。在"级设施中，使用"级操作技术和规程可以进行进一步的研究工作。