剑川海门口遗址曾于1957年和1978年进行过两次清理挖掘。但是前两次的发掘由于种种原因，发掘组织不规范，还有地层与文化遗址混乱。
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| 剑川海门口遗址 |
去年12月，经国家文物局批准同意，由省考古研究所主持，剑川县启动了海门口遗址第三次考古发掘。此次海门口遗址重大考古发现，引起了大理白族自治州的高度重视。
省考古所领队闵锐从该遗址前两次碳14测定的绝对年代判断，海门口遗址距今超过3500多年，这是云南迄今发现最早的铜石并用时代的遗址，它是洱海地区新石器文化的延续和发展。后来，洱海区域进入青铜器时代，其文化遗物，各地均有发现。洱海青铜器文化，分布非常广泛，北至剑川、鹤庆，南可到祥云、宾川，而且延续的时间也相当长，大约从公元前11世纪到西汉末期。
在考古工地，直插水中、粗细在50-10厘米，削成钝尖状的松木木桩柱，仿佛是朝天而问的一个个谜题。一些桩柱间还有大量横木，有卯榫结构，有凿着方形的，两孔对称，四孔对称，孔底皆相通的榫孔。
当时的建筑究竟是怎样的？据专家分析，3500多年前的人类要建盖房子是相当不容易的，当时的房子需要支撑起来，一是避开地下的潮湿之气，二是防止野兽攻击。如果一个地方层层叠叠建房屋，而且有这么长的延续期，看来当时这里的生活环境适宜居住。木房桩柱能够留下3000多年没有腐化，的确是个奇迹。对于海门口出现的建筑遗址，他分析可能是在隔离氧气的环境下保存下来的，如今出露地表，会很快氧化炭化，他建议采取保护措施。
剑川海门口先民赖以生活的“母亲湖”，距今约2000多年的时间，一次历时很久的湖水泛滥，淹没了他们家园，冲走了房屋，延续近千年的栖息地就这样永远失去了，只有那些原始房屋的木桩被大水封住，凝固成永恒。3500多年后，当人们走进考古人员发掘出来的、如丛林般的建筑遗址时，仿佛能嗅到昔日气息。也许海门口遗址的重现印证了一句畿言：没有辉煌的可以永恒，也没有辉煌被永远埋没。
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| 剑川海门口考古发现 |
这批先民来自哪里？又如何消失了？通过考古得到的信息，剑川海门口的先民由于种种原因，迁离此地，原因是大水淹没，迁离的时间大约为距今2200-2000年。他们的可能去向推测为，一是迁至大理洱海地区，二是迁至沙溪居住。
剑川县在1980年发掘附近敖峰山一墓葬遗址，发现了其时间为距今2500-2200年，闵锐认为，这正好是海门口居民迁出的时间。