中国考古工作者首次在新疆吐鲁番地区吐峪沟内进行的考古发掘连续获得重大发现，其中包括精美壁画、绢画、数量巨大的文书残片、陶器、雕塑、生活用品等。
来自国家文物局、中国社会科学院考古研究所、北京大学、西北大学、新疆维吾尔自治区考古所、龟兹研究院等研究机构的历史考古专家齐聚吐鲁番市，对这处汇集祆教、摩尼教、佛教、道教等多种宗教与文化历史遗存的吐峪沟大遗址保护及数量众多的考古重大发现进行探讨。
虽然自上世纪五十年代以来，中国学者也曾对吐峪沟进行过零星的考察。但与会专家评价，从2010年春季一直持续至今的考古发掘，是自19世纪以来中国政府首次对吐峪沟遗址区进行的系统、科学、严谨、有序的考古调查，“这样的石窟寺考古发掘在全国也是首次。”
新发现和惊喜从发掘之始就不断出现。中国社会科学院考古研究所边疆民族与宗教考古研究室主任李裕群介绍说，仅今年春天就又清理出洞窟7处，有一处洞窟的后墙书写有大量回鹘文题记，面积约有2平方米，文字书写清楚，保存状况良好。同时还出土了大量的文书残片、木器、陶器等。
新发现还包括约10平方米精美壁画，着汉服的供养人像等。李裕群说，壁画表现形式与中原壁画风格相呼应的特征十分显著。
吐峪沟石窟位于新疆吐鲁番地区鄯善县吐峪沟乡吐峪沟麻扎村，西距吐鲁番市约60公里。吐峪沟地处火焰山山脉东段，大体呈南北走向，将火焰山拦腰切断。沟的北口有苏贝希文化遗址；南口为中国历史文化名村——麻扎村，民居建筑大多数百年以上，沟内霍加木麻扎，祆教墓葬、佛教寺院、伊斯兰教的麻扎并存，沟南戈壁中有著名的洋海古墓群。诸多历史遗迹表明新疆吐峪沟是多种宗教、多种文化的汇集地。
吐峪沟曾经是中原佛教文化与西域佛教文化最早交汇的地区。吐峪沟石窟最早开凿于十六国北凉统治时期，自北凉至鞠氏高昌统治时期，也就是公元5至6世纪，吐峪沟内进行了大规模的佛寺建造与石窟开凿活动，并逐渐成为高昌统治集团全力经营的佛教重地。
敦煌文书唐代《西州图经》曾经这样描述唐西州时期高昌的丁谷窟：“丁谷窟有寺一所，并有禅院一所。右在柳中界至北山二十五里丁谷中，西去州二十里。寺其(基)依山构，揆巘疏阶，雁塔飞空，虹梁饮汉……实仙居之胜地，谅栖灵之秘域。”这座久负盛名的丁谷窟(寺)就是今天的高昌故城东北10余公里的吐峪沟石窟。
一千多年来，由于自然和人为的破坏，吐峪沟内众多石窟寺的昔日辉煌早已褪去光泽，留下的是残垣断壁和坍塌、残破的洞窟。19世纪末至20世纪初，俄、德、英、日等国探险队在吐峪沟肆意盗掘，劫掠盗挖了大量珍贵文物，并对石窟寺造成了严重的破坏。
从2010年3月开始，由中国社会科学院考古研究所、吐鲁番研究院、龟兹石窟研究院3家单位合作，对吐峪沟遗址实施保护性考古发掘工作。
让考古人员振奋的是出土的数量众多的文书，包括汉文、粟特文、藏文、回鹘文、婆罗迷文等多种文字，有佛经写本、世俗文书和古书的注本等，还有卷轴。陈凌认为，这些文书的发现对研究吐鲁番历史文化提供了珍贵的新资料，而且大量文物还可以印证以前被盗绝的文物的关系，可使那些文物“归位”，这对于全面研究吐峪沟石窟寺有着重大意义。
中国社会科学院世界宗教研究所丁明夷在30年前就已经在新疆克孜尔千佛洞开展过研究工作。他说，东西方文化之间是如何衔接、碰撞、交融的，新疆的克孜尔石窟、柏孜克里克石窟都有很好的印证，此次吐峪沟石窟新考古发掘的成果更是一个很好的补充，这再次表明，新疆是解读东西方文化交流的一把重要钥匙。