蜜蜂消失的后果，不仅仅是没有蜂蜜喝这么简单。根据美国农业部统计，人类的食物有三分之一来自由昆虫授粉的蔬果作物，其中蜜蜂担任了80%的授粉工作。而且，蜜蜂对于维持生物多样性和生态平衡的作用也不可小看。 但蜜蜂的神秘消亡，让全世界的科学家们大为紧张。他们给这种现象取名为“蜂群衰竭失调”（CCD）。对于这种现象，科学家们作了很多推测，比如：
食物源：全球暖化、生物多样性的退减、大面积单一作物的种植，都导致蜜蜂食物源的减少；当蜂群冬季从北边迁往南方时，它们只能吃些营养很少的植物或是低等糖浆，这也导致了冬季大量蜂群的消亡。
环境因素：自然环境的破坏、手机网络电磁波的辐射、来自亚洲大黄蜂的凶狠捕食等，都影响了蜂群的生态平衡。
杀虫剂和药物：不少科学家相信，人类大量使用的农药和杀虫剂对蜜蜂有很大影响。比如一种烟碱类杀虫剂，会吸附在花粉上，干扰到蜜蜂的导向能力，这样蜜蜂离开蜂巢后就再也找不到回去的路了。
蜂农用来消灭蜜蜂身上寄生虫的除螨剂，同样也不是好东西。除螨剂会积聚残留在蜂巢的蜡质中，其所含有效物质如蝇毒磷（coumaphos）和氟胺氰戊菊酯（fluvalinate）等，可能损坏蜜蜂的免疫系统，从而让它们在病毒前不堪一击。
而各种病毒、细菌、真菌和寄生虫的骚扰，对蜜蜂的伤害更显著，也最不可捉摸，其运作机理很难被分析出来。
狄氏瓦螨和蜜蜂气管螨，曾在1980年代、1990年代中期和本世纪初在美国蜂群中掀起过大面积瘟疫。前者是一种吸血寄生虫，会导致蜜蜂的翅膀和下腹出现畸形，同时它也是许多病原的携带者和传播者，会将各种传染病带入蜂群；后者则喜欢爬进成年蜜蜂的体内，堵塞住气管，活活把它们憋死。
而到了2009年4月，西班牙科学家们首次识别出一种更为致命的蜜蜂杀手—东方蜜蜂微孢子虫（Nosema ceranae）。
这种寄生虫祸害的范围从昆虫、鱼类到哺乳动物甚至人类。它们会产生大量孢子，蜜蜂在采蜜时不小心将其吞食后，消化道和内脏会慢慢受到侵蚀，只要几周时间，整个蜂群就可能死亡。
同年6月，美国农业科学研究所破解了蜜蜂微孢子虫的基因组排序，开始追踪它们的扩散和传播路径，寻找对付它们的方法。
2010年5月，研究有了新进展，美国农业部的科学家发现蜂群衰竭失调的源头不应归咎到某种致病菌，而是多种因素共同作用的结果。
研究发现，孢子虫病很少单独出现，它们经常伴随着一些真菌病原体同时存在。在孢子虫病高发的蜂群中，真菌病毒的数量也比健康蜂群要高两三倍。当蜜蜂咽下孢子虫时，这种寄生虫会爬到蜜蜂的中肠，并穿透肠壁，进驻到上皮细胞里。而其他的真菌病毒的作用正是破坏肠壁，为孢子虫扫清障碍。
2011年8月，法国克莱蒙费朗第二大学和阿维尼翁农科所的学者有了进一步的发现。他们共同在PloS ONE期刊上发表了一篇论文，结论是：孢子虫病不仅仅会和其他病毒狼狈为奸，还会将杀虫剂升级为蜜蜂杀手。
这个法国研究团队集合了寄生虫学、毒物学等方面的专家。他们让新生的蜜蜂长期接触低剂量的杀虫剂。这些蜜蜂中，有些非常健康，有些则已被孢子虫病原体感染。
实验发现，即使接触的量远未达到致命程度，染病的蜜蜂仍是每天都死一批，另外那些健康的则没事。当接触杀虫剂的量只有“半数致死量”（足以使半数个体在实验条件下致死的剂量）的百分之一时，患病的蜜蜂依然难逃厄运。
实验对各种类型的杀虫剂都做了尝试，发现结果是一致的。不论杀虫剂的主要成分是氟虫腈（Fipronil，一种苯基吡唑类的广谱杀虫剂）还是噻虫啉（Thiacloprid，通过干扰昆虫神经系统正常传导而杀死昆虫），感染孢子虫病的蜜蜂只要接触微量后都必死无疑。因此，就算施药者把药量控制在“安全剂量”内，仍然可能引发蜂群的大面积死亡。