通过分子钟估算分歧时间是进化生物学研究中的常用手段。在实际运用中，分子标记的替换饱和常因得不到充分的模型拟合而误导结果。
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| 线粒体结构示意图 |
鉴于线粒体基因组的高演化速率，其在分子钟运用中的局限性已为众多研究者所警觉。但由于不同生物类群的演化时间跨度、可用化石标定、线粒体基因组演化速率各异，该分子标记的局限性不能一概而论。
中国科学院成都生物研究所两栖爬行动物研究室曾晓茂研究员课题组以有尾两栖动物为例，通过对比分别基于线粒体基因组和核基因外显子估算的分歧时间，评估了在特定类群中线粒体基因高演化速率对时间估算的误导模式。结果表明，由于有尾类起源古老（2-3亿年）且缺乏涉及近期分歧事件的有效化石标定，基于线粒体基因的分子钟分析严重高估了分歧事件发生的时间。特别是较年轻的事件，可能被高估3-10倍。如类似评估在其他生物类群开展，将有利于分子钟分析的标记选择以及对其结果的理解和运用。