“所谓挂牌督办，就是对于环境违法的企业，进行的一种警示和提醒。被挂牌督办的企业，其间的生产经营可以照常进行，但是需要在最后期限内完成整改。”
1月5日，环境保护部环监局有关人士表示，环保部每年会推出专项检查，检查企业环境违法行为，其中制药行业一直是重点检查领域。
环保部点名
环保部《关于2011年环境保护部挂牌督办环境违法案件的通知》显示，永安药业1.4万吨酒精法环氧乙烷生产装置未批先建，并已投入生产；污水处理站排水长期超标排放，现场检查时弄虚作假；并责成湖北省环境保护厅依法责令该公司1.4万吨酒精法环氧乙烷生产装置立即停止生产，限期补办手续，未经环保部门同意不得擅自恢复生产。如果永安药业在2012年6月底之前逾期未完成限期治理任务，则可能被责令关闭。
海正药业被查出的主要问题是：外排废水COD超标排放，电缆沟积存高浓度污水；抗生素菌渣等危险废物擅自出售给无资质的企业；与环保部门联网的在线监测数据弄虚作假。环保部责成浙江省环境保护厅依法责令该公司限期治理，处以罚款，在2012年6月底前逾期未完成限期治理任务，同样有可能被责令关闭。
其他大部分被点名企业的主要问题都与违规排污有关。
2家上市公司紧急做出反应。1月4日晚，永安药业公告称，公司被环保部挂牌督办属实，通知下发前公司已组织各部门对环保工作进行了全面自查，制订了相应整改方案。公司正组织相关部门对照通知情况，严格排查，制订进一步整改方案。永安药业是国内牛磺酸行业的龙头企业，属于保健品原料药领域。
海正药业也对本次督查中发现的问题一一做出解释，并称公司将严格按照环境保护部通知要求，及时有效的落实整改方案，在限期内解决上述存在的问题，并及时上报国家环境保护部、浙江省环保厅。
海正药业位于台州，是中国领先的原料药生产龙头企业。海正药业董事、副总裁包如胜去年6月曾表示，在最近的5年，海正药业用于“三废”处理的固定资产已经达到了3亿多元。
“降低排放、节约能源是制药企业必须承担的社会责任。” 中国医药企业管理协会副会长于明德表示，制药企业必须进行绿色生产，优化工艺，采用先进的生物技术来取代一部分传统技术，以达到降低排放、减少环境污染的目标。
药企治污困境
事实上，制药行业是国家进行化学耗氧量、氨氮排放监管的重点行业之一。环保部公开数据显示，2009年中国制药工业总产值占全国GDP不到3%，而污染排放总量却占到了6%。而在各类药品中，原料药属高污染、高耗能产业，对大气、水域的污染尤为严重。曾有媒体报道，浙江八成原料药生产企业的环保措施不达标。
一家为跨国药企生产高端原料药和中间体的药企老总说：“这绝不是某一家企业的问题。整个原料药生产行业，真正环保达标的企业不超过20%。业内对废物处理不达标甚至不处理直接排放的企业很多，大部分都是晚上8点到早上6点，将处理不达标甚至未经处理的废水废渣直接排放。按照现行的环保标准，国内绝大部分原料药生产企业的环保标准都是不达标的，业内80%的企业都在‘直排’废渣废物。”
上海一家药厂的负责人也认同这个说法，他说：“国内大部分原料药生产企业都从事的是最低端的生产，这块是典型的低附加值高污染，一些规模较大的企业，产出量巨大，一天需要处理的废水就有几千吨，这样大的量也为污水处理带来了难度。”
他还指出，生产一种原料药往往需要进行少则几个多则数十个步骤，使用的原材料有的甚至多达三四十种，不仅产生的废水、废渣数量大，而且含有大量难以生化降解的化学合成物质和残留药物成分，原料药生产企业的废水处理难度要远远高于普通的大化工厂，这也是原料药生产企业共同面临的行业难题。
在生产产品较为单一的普通大化工厂，废物的化学构成相对简单，种类不多，往往少数几种菌群就能对其进行生物氧化。但在原料药生产领域，一家药厂往往要生产几十种原料药，废物的成分完全不同，所以在进行生物发酵时，所采用的菌群也各有不同，这就加大了原料药生产企业的废物处理难度。
前述药企负责人说：“他曾参观过发达国家的制药厂，这些制药企业内部，专门用于污水废气废渣处理的厂区和装备，往往要占到整个厂区的一半面积。而在国内，几乎所有企业都不能达到这个标准。”