水母的身体有95％以上是水份，其他则是蛋白质和脂质所构成，所以水母的身体会呈现透明状，就是因为身体内的水份之故。
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| 多管水母 |
水母具有三胚层，最外是表皮层，最内层则是胃皮层，由胃皮层构成一简单的体腔，只有一个开口，兼具口及排泄的功能，在表皮层及胃皮层之间的则是中胶。以钵水母为例，水母的身体有几个构造：
胃腔：即是由胃皮层所形成的胃腔，也是水母的消化系统，胃腔内有胃水管系统，内有许多的触手状的胃丝，胃丝上又有刺丝胞，可将吃进来的饵麻醉，再放出消化液来进行消化。生殖腺也是位于胃腔壁上，同样是发源於胃皮层。
感棍：在水母翼的边缘均分有八个感棍，内有一个平衡胞、小眼及两个感觉窝，是在水中平衡其身体及触觉之用，可说是水母的感觉器官。
触手：在水母翼的边缘有许多细小的触手，触手的前端有刺胞，刺胞可捕捉浮游生物及攻击敌人。
刺丝胞：为触手前端的细胞之一，腔肠动物又称为刺胞动物，就是指此，因此水母多少都含有毒性。刺胞是一个充满液体的囊，内有一条中空缠绕的管子，刺丝胞的表面有一小针称为刺胞针，如同是开关般，当刺胞针受到触动时，刺丝胞会马上射出管线，这些含有毒液的管子会使被刺之生物麻痹。
口腕：由水母翼中心延伸出来的腕状物，数量和胃囊相同。口腕上也有许多的刺丝胞，除了可以捕捉猎物之外，也可以将食物送入口中。口腕的底部有保育囊，受精卵发育而成的实囊幼虫，会附著在保育囊上。
口器：位与口腕的基部，直接通到胃腔。可吃入食物之外，也具有排泄的功能。
放射管：由胃腔呈放射状向水母翼延伸的管子，可将消化的营养及氧气在体内循环，具血管般的功能。
水母美丽却凶猛。在伞状体的下面，那些细长的触手是它的消化器官，也是它的武器。在触手的上面布满了刺细胞，像毒丝一样，能够射出毒液，猎物被刺螫以后，会迅速麻痹而死。触手就将这些猎物紧紧抓住，缩回来，用伞状体下面的息肉吸住，每一个息肉都能够分泌出酵素，迅速将猎物体内的蛋白质分解。因为水母没有呼吸器官与循环系统，只有原始的消化器官，所以捕获的食物立即在腔肠内消化吸收。水母一旦遇到猎物，从不轻易放过。
水母为什么会发光呢？栉水母在海里游动，身体显现着球形的蓝光，后面的几条长长触手在闪耀着细长的光带，随着栉水母游动时的身体弯屈和摆动，光亮也是千姿百态，十分优美动人。
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| 澳大利亚箱形水母 |
原来水母的发光源与其它动物是不同的，其它动物大多是荧光素、荧光酶经过氧的催化作用，因而发光。可是水母发光靠的却是一种叫埃奎林的神奇的蛋白质，这种蛋白质遇到钙离子就能发出较强的蓝色光来。据科学家研究，每只水母大约含有50微克的发光蛋白质，这说明水母就是靠它发光的。
然而威猛而致命的水母也有天敌，一种海龟就可以在水母的群体中自由穿梭，轻而易举地用嘴扯断它们的触手，使其只能上下翻滚，最后失去抵抗能力，成为海龟的一顿“美餐”。