1994年9月，一场来势凶猛的疾病在澳大利亚港口城市布里斯班的一个赛马场爆发开来。最先得病的是一匹怀孕母马，它在外出吃草后出现了一些症状，经医生诊治后未见好转，情况反而越来越糟。兽医、驯马师和饲养员一起尽最大的努力来挽救它。然而，两天之后，它还是死了，死因不明。它是被蛇咬了，还是在荒草地上吃了有毒的植物，两周后，同一马主的大部分马匹开始病倒，显然病因不是被蛇咬伤，也不是草料有毒，而是某种传染性疾病。病马出现发烧、呼吸困难、面部肿胀、行动迟缓等症状，有的甚至口鼻出血。几天之内，有12匹马死亡，同时驯马师和饲养员也病倒了。几天后，驯马师因肾衰竭以及无法呼吸在医院死去，饲养员最终挺了过来，但此后他的呼吸系统受到了严重影响。兽医由于谨慎地采取了一些防护措施，幸而无恙。他后来回忆道：疾病来势之凶猛、传播速度之快令人难以置信，疫情到达高潮时，12小时内就有7匹马死状恐怖地死去，有的不得不给它们注射安乐死针剂，其中有匹马在痛苦中狂暴至极，甚至无法靠近为它注射。他说，以前从未见过如此可怕的传染病
实验室分析表明，马和人都感染了一种前所未知的病毒。研究人员开始将其称为“马麻疹病毒”，后来以其爆发地命名为“亨德拉病毒”。实验室分析表明，亨德拉病毒是一种古老的病毒，在它的宿主体内可能已经生存了数千年。尽管它历史悠久，但在此之前——至少在历史记载中和人类记忆中——病毒一直没有在人类中爆发过。
亨德拉病毒出现后，当地对5000多只家养动物进行了抗体检测，没发现有抗亨德拉病毒的抗体。后来，调查的目标转到了能在发病地区之间活动的野生动物，发现黑狐蝠、灰头狐蝠、小红狐蝠、眼圈狐蝠等四种狐蝠体内具有抗亨德拉病毒的抗体。此后，又在一只怀孕的灰头狐蝠生殖道内分离到亨德拉病毒。
对昆士兰的1043个狐蝠样本进行血清学检测，发现47%的样本呈亨德拉病毒阳性反应。抗体监测发现狐蝠体内的抗体水平与疾病的地方流行性相一致，预示狐蝠处于感染的亚临床状态。虽然没有发现病毒从狐蝠直接传播给马，但实验室感染证实这种方式是可能的。最可能的传播途径就是马采食了被携带病毒的狐蝠胎儿组织或胎水污染的牧草所致。在昆士兰，马群的发病时间正好与果蝠的繁殖季节相重叠，而且从实验室感染和自然感染的狐蝠胎儿组织中分别分离到亨德拉病毒，进一步支持这一推测。其次，马由于采食狐蝠吃剩的果实而感染也是发病的原因之一，病毒在马群中的传播是通过感染的尿液或鼻腔分泌物，人由于与病马接触而感染。
亨德拉病毒是属于副黏液病毒科，本病毒科可分为Paramyxovirus、Pneumovirus、及Morbillivirus三科，与造成不同种别，包括人类许多新疾病有关；其中Morbillivirus属和犬瘟热相关，已造成海豹、海豚、鼠海豚、狮子爆发疾病；马（亦称为亨德拉病毒或狐蝠副黏液病毒）被认为源自食果蝙蝠（Fruit bat），于1994年九月造成澳洲马和人有呼吸性或神经性疾病而死亡；1988年墨西哥2至21日龄小猪感染副黏液病毒（Paramyxovirus）引起非化脓性脑脊髓炎、间质性肺炎、及角膜混浊病变；较大猪只较有抵抗力通常只有角膜混浊，怀孕母猪可造成繁殖障碍如死产、木乃伊化。
亨德拉病毒（Morbillivirus病毒）相对较大（150~250nm）具有封套之单股RNA，Morbillivirus病毒感染通常可见间质性肺炎和融合细胞，但EMV/HeV病毒较其他Morbillivirus病毒对血管组织有较高之亲和性，其他Morbillivirus如麻疹、犬瘟热可感染升管内皮细胞但不造成如EMV/ HeV血管病灶，从组织病变观察EMV/HeV感染之血管变性与马病毒性动脉炎相似，肉眼病变EMV/HeV造成肺水肿与非洲马疫相似，需加以类症鉴别。