在批复文件中，国家文物局就猿人洞遗址保护方案的修改和完善给出了具体指导。
国家文物局指出，有关部门应结合已开展保护措施的效果评估，进一步说明采用整体覆罩形式搭建大体量保护性建筑的必要性。至于局部防风雨和防风化的需求，建议积极考虑采用小型现代化防护设施解决。保护性建筑设计应遵循“最小干预”的原则，尽可能减少对遗址本体的扰动和对传统景观的改变。
如果对遗址整体覆罩，内部微环境是否会发生变化？这种变化对遗址保存有何影响？国家文物局要求有关部门补充科学的分析数据及模拟实验数据，如棚内采光分析、风洞试验、棚内温湿度等数据，在此基础上论证保护方案的可行性。
在上报的方案中，保护建筑顶部拟采用钢结构设计。国家文物局要求应补充必要的结构措施，确保小块体构件拼接良好。同时应对保护建筑内部通风进行计算和实验分析，确保风力作用下的顶部结构安全。要求应尽可能降低顶部结构密度，增加自然采光，利于通风，便于日常维护。
此外，针对建筑内部拟建设的S形旋转步道，国家文物局指出，这与遗址整体风貌不相协调，且不利于参观崖壁标准剖面，应予取消，并根据遗址展示需要另行设计参观路径。