传染病是城市发展的天敌，甚至会影响历史的走向。
万历10年(1582年)，宣化大瘟疫爆发，据记载：“人肿颈，一二日即死，名大头瘟……冬传至北京，明年传南方。”瘟疫导致正定一带40%左右的人死亡。崇祯六年(1633年)，华北鼠疫又开始流行。据估计，这两次大瘟疫导致华北三省人口死亡总数达到l000万以上。
1644年，李自成进逼京城，崇祯由于犹豫不决，错过了迁都的时机，此时南下退路已被截断，但北京城高墙厚，军队尚多，本可相持待援，然而，据谷应泰在《明史纪事本末》中说：“京师内外城堞凡十五万四千有奇，京营兵疫，其精锐又太监选去，登陴诀羸弱五六万人，内阉数千人，守陴不充”。意思是大瘟疫过后，北京城墙上平均每三个垛口才有一个羸弱士兵守卫，怎么可能抵挡李自成的劲旅？事实上，北京城是不攻而克的。
老北京传染病频发，与公共卫生环境恶劣相关，由于城市没有公共厕所，清末全城60多万人完全依靠少量掏粪工、垃圾清运工来处理废物，自然难以应付。上世纪初，西方来华外交官记录道，老北京道路两边到处是随地大小便留下的痕迹，空气中弥漫着令人作呕的味道。
到上世纪二三十年代，不仅普通居民区如此，连皇家园林也不能幸免，北海公园中出现了多个垃圾岛，水面所剩无几，成了苍蝇、老鼠聚集地，随时有引发瘟疫的风险。
应该说，老北京很早就重视对疫病的治疗，比如金代于天会四年(1126年)便设立了太医院，1627年及1634年，因天花流行，在京外还设有避痘所，1636年规定，凡去避痘所看望“未出痘子的和硕亲王、多罗郡王、固山贝子”必须“过了九日以后再去看望”。
明代不仅有太医院，1417年还在紫禁城北安定门外建安乐堂，本来是为工匠建的医院，但实为宫嫔及卑职遇疾将死，入此中等死。清代沿用明永乐年间建的太医院，既是宫廷医疗预防机关，也是中央卫生机关。
嘉庆十年(1805年)牛痘接种法由葡萄牙传入广州，设牛痘局施种牛痘，不久京师(北京)设置牛痘局。清宣统三年(1911年)发布疫情报告律令：各管地有无疫患(疫情)，必须五日一报，市、州、县以上，有疫毙人数，立即报呈。
虽然有了这些积极举措，但整体上看投入太少，人员不够，清代太医院最高职位不过为正五品(宣统元年定位正四品)，御医编制不过20人，吏目20余人，医士20名左右，恩粮生20人至30人不等，肄业生5名至10名。不仅人数少，工资还低，最高职位月薪80两，最低的从九品才31两。这样少的投入，面对疫病的袭击，不过是杯水车薪。