朱琦在“文革”中也受到了很大的牵连。因为爹爹还是中央政治局委员，又有周总理等不时地保护，当时造反派不敢对爹爹太放肆。他们整不着爹爹，就拿朱琦撒气，批斗、抄家是家常便饭。
1969年6月，朱琦被送到山西榆次“五七干校”学习。当年年底，他从山西回来后，又被下放到天津附近一个叫汉沟的小车站改造，在那儿当仓库保管员，一直干到1972年，才给重新安排了工作。恢复工作后，由于劳累，也由于“文革”这几年的折磨，朱琦患了心脏病。1974年6月10日，朱琦突然去世，没有留下一句话。孩子们都不在家，他们都当兵去了。怕爹爹经受不住这个噩耗，只对他说“朱琦突然犯病了，在医院抢救”。爹爹很担心，整整一个星期睡不好觉，总是问情况怎么样，还需要什么药，得到的答复也总是“还在抢救”。
6月20日，朱琦去世后的第10天，我们回北京去见爹爹。康妈妈才告诉他：“抢救无效，朱琦走了，追悼会都办好了，孩子们想回来看看。”那天，爹爹显得很虚弱，他看着我，喉结动了几下，好像要说什么，但一时没有说出声。这时，坐在我旁边的康妈妈，轻轻地拍了拍我，示意别再哭了。爹爹说：“你们开始不告诉我，这不对，我就这么一个儿子，这么年轻就走了，很可惜。他上过中央党校，受过高等教育，走得这么早，太可惜了。”
爹爹曾说：“假如我不在了，我没有任何财产，房子是国家的，还有这个桌子，全部交给国家，你们要不上。但是我有一部分书是自己买的，还有一部分是国家发的，你们可以看，可以拿去学习。我的会客室有一个主席像，这个你们可以拿走。”事实也是这样，康妈妈病逝以后不到24天，中央管理局就把家具全拿走了。朱琦病故后，当时铁道部政治部主任对康妈妈说：“你看朱琦病逝了，可是力平一个人在天津，把她调到你们身边，对你们本身也是个照顾，对力平也是个安慰。”当时我也在场，康妈妈没说话，爹爹说：“力平在天津工作这么多年了，有群众基础，工作也不错，调到北京的新单位也不好参加工作，还是在天津好吧。”一句话否定了。（离休之后的1996年，我才调到北京。）秘书抱不平说，总司令太正统了，从来不为孩子说句话。