黄河流域面积近80万平方公里，大部分处于干旱地区，水资源条件先天不足。据统计，黄河拥有水资源只有580亿立方米。而且，黄河水因泥沙太多，每年16亿吨泥沙至少需200多亿立方米的水来冲刷，这样黄河实际拥有的可利用水量每年只有300多亿立方米。同时还要供沿河9个省区及河北、天津两省市使用，本来已经供不应求，再加上不合理利用和浪费水资源，使得水资源短缺的状况越来越加严重。
俗话说，天下黄河富宁夏，内蒙河套在其中。宁蒙河套灌区千百年来自流排灌，取水便利，生活耕作在这里的农民从未因农田缺水而犯愁。然而，随着上游河段生态的日益恶化，人口不断增加和经济的迅速发展，河套灌区的水资源供需矛盾开始日益显现。特别是宁夏地处西北内陆干旱地区，天上降水十分稀少，地表水严重不足，地下水更是缺乏，黄河过境水是全区最主要的可用水源。加之近年来，河套灌区冬灌引黄水量被压减至近十年来的最少量，农业灌溉用水严重短缺。而且黄河上中游持续干旱，出现历史上罕见的枯水形势，造成宁蒙两大引黄灌区严重的“水荒告急”，已给灌区的农业造成了巨大损失。经专家多次调研考察，河套灌区近年来“水荒告急”原因有四：
一、黄河上游生态退化加剧，导致了灌区“水荒告急”。由于自然温室效应、黄河上游生态的严重恶化和人为不合理活动的影响，导致了灌区内干旱少雨，天然来水持续减少，生产生活用水“告急”。据有关水文气象部门测定，近年来黄河上游主流和支流来水量比多年平均值减少最多达到50%，致使三四月份龙羊峡和刘家峡水库无水可蓄，给四五月份宁蒙灌区春灌大量用水带来了严重的困难。
二、宁蒙河套超计划用水，加剧了灌区“水荒告急”。由于黄河上游多年连续的资源性缺水，加之宁蒙灌区经常超计划使用黄河水，致使了“水荒”愈演愈烈。根据气象水文资料显示，宁蒙两区多年平均降水量200—300毫米，是全国地表水资源最缺乏的省区。加之黄河又是宁夏全区和内蒙古中西部地区的主要客水资源，自黄委对黄河干流实施水量统一调度以来的实践证明，目前，黄河的开发利用现状已不允许宁蒙两区新增黄河干流用水指标。
三、灌区用水结构不合理，“水荒”矛盾更加凸现。根据调查，由于灌区改造和渠系配套跟不上，导致宁蒙灌区用水比例严重失衡，农业用水占总用水量比例高达90％～96％。而渠系水利用系数仅为0．4左右，有一半多的水在输水过程中白白浪费掉。灌区亩均毛用水量高达1000多立方米，是全国平均水平的2．4倍。农业用水结构不合理，灌溉浪费严重，加剧了水资源供需的矛盾。加之旱情减少了水资源的有效供给，经济快速发展增加了对水资源的有效需求，水资源承载压力过大，用水效率不高等等，都加剧了水资源短缺的紧张局势，成为宁蒙灌区“水荒告急”的重要制约因素。
四、开发建设项目的兴起，增加了水资源供需矛盾。随着宁蒙河套地区经济社会的不断发展，该区主要靠利用自然资源优势吸引资金，大规模开发建设能源项目。但能源项目大部分都是高耗水的项目，例如采用湿冷方式冷却的火电厂，一台30万千瓦机组每年需水约450万立方米。按内蒙古近期拟建设的大型工业项目测算，年用水量将增加2．2亿立方米，宁夏东部能源重化工基地规划至2010年需增工业用水1．9亿立方米，其中电厂新增用水0．9亿立方米。由此可见，高耗水的能源开发建设项目，也进一步增加宁蒙河套地区水资源的供需矛盾。
面对水资源短缺的严峻现实，唯一的出路是建设节水型社会。近年来，黄委、黄河上中游管理局及宁蒙两省区水利主管部门，根据水利部党组可持续发展治水新思路，按照水权理论对水资源进行有效配置的基本要求，通过“投资节水、转让水权”的改革试点，较好地破解了宁蒙河套地区因水资源短缺而造成的“水荒告急”难题，为我国建设节水型社会开创了一条崭新的道路。目前，“水权转让”改革工作正在进一步的深化和完善之中。