据了解，三峡工程蓄水后，长江水流速度减缓，水体稀释自净能力减弱，如果不注意防治船舶污染，极易给三峡库区水质带来严重影响。环保部门的调查显示，目前船舶对三峡库区水域的污染主要有四个方面：油污染、生活垃圾、生活污水和船舶事故污染。
根据１０月１日正式施行的《重庆市长江三峡水库库区及流域水污染防治条例》（以下简称《条例》），在库区流域航行、停泊、作业的船舶，其结构、设备、器材应当符合国家有关防治船舶污染内河环境的相关规定及技术规范的要求，取得并携带相应的防治船舶污染内河环境的证书与文书。船舶配置的污染物处理、储存设备，确因损害无法使用的，应当立即向就近的海事部门报告，并限期修复或者重新安装投入使用，修复期内禁止向水体排放船舶污染物。
《条例》规定，禁止在三峡库区航行的船舶向水体排放废油、残油、垃圾和含有有毒有害物质的污水。排放含油废水和生活污水应当符合国家和本市规定的排放标准。
根据《条例》，船舶运载危险品或者污染危害性货物，应当制定相关防治船舶溢漏应急预案，采取防溢流、防渗漏、防坠落等措施。发生海损事故或者货物落水事故，船主应当立即采取措施控制和消除污染，并就近向有关部门报告。